根據(jù)第八屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案，保留水利部。水利部要根據(jù)水利行業(yè)的特點，適應建立社會主義市場經(jīng)濟體制的要求，本著精簡、統(tǒng)一、效能的原則，轉變職能，理順關系，精兵簡政，提高效率，深化水利改革，促進水利事業(yè)的發(fā)展。

　　一、職能轉變

　　按照國家行政管理體制改革的總體要求，水利部要進一步轉變觀念，轉變職能，強化水利行業(yè)管理和水資源的統(tǒng)一管理。加強水利發(fā)展戰(zhàn)略、規(guī)劃和政策、法規(guī)及關系國計民生的大江大河大湖治理、防汛抗旱、農(nóng)村水利、水土保持等方面的職能，搞好規(guī)劃、協(xié)調、監(jiān)督、管理、服務。把人、財、物的具體管理和專業(yè)性、技術性較強的業(yè)務工作轉移給事業(yè)單位，把屬于企業(yè)的權利下放給企業(yè)。

　　加強和充分發(fā)揮流域機構的作用。流域機構作為水利部的派出機構，在本流域內行使水行政主管部門的職責。逐步建立起水利部、流域機構和地方水行政主管部門分層次、分級管理的國家水行政管理體制。

　　二、主要職責

　　水利部是國務院主管水行政的職能部門，統(tǒng)一管理全國水資源和河道、水庫、湖泊，主管全國防汛抗旱和水土保持工作，負責全國水利行業(yè)的管理。主要職責是：

　�。ㄒ唬┴撠煛吨腥A人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》等法律、法規(guī)的組織實施和監(jiān)督檢查。研究制訂水利工作的方針、政策、法規(guī)和規(guī)章制度。

　�。ǘ�）組織制訂全國水利發(fā)展戰(zhàn)略規(guī)劃、中長期和年度計劃。組織制訂全國主要江河、國際河流（湖泊）和省際河流（湖泊）的流域（區(qū)域）綜合規(guī)劃和有關專業(yè)規(guī)劃并負責監(jiān)督實施。

　　（三）統(tǒng)一管理全國水資源。負責組織全國水資源的監(jiān)測和調查評價。會同有關部門制訂全國和跨省水長期供求計劃、水量分配方案并負責監(jiān)督管理。組織實施取水許可制度。歸口管理全國節(jié)約用水工作。對水資源保護實施監(jiān)督管理。受國務院委托協(xié)調處理部門間和省、自治區(qū)、直轄市間的水事糾紛。

　�。ㄋ模┲鞴苋珖�河道、水庫、湖泊（包括人工水道、行洪區(qū)、蓄洪區(qū)、滯洪區(qū)）、河口灘涂和海堤等水域及其岸線。負責大江大河大湖的綜合治理和開發(fā)。

　�。ㄎ澹┲鞴苋珖�防汛抗旱工作，負責國家防汛抗旱總指揮部的日常工作。

　�。�六）主管全國水土保持工作。

　�。ㄆ撸┕芾砣珖�農(nóng)村水利和鄉(xiāng)鎮(zhèn)供水、人畜飲水工作。

　�。ò耍┴撠煶鞘械乇硭�供水水源建設、水環(huán)境保護等城市水利工作。

　�。ň牛┙M織建設和管理水利系統(tǒng)的水電站及小電網(wǎng)。負責國務院安排的第二批農(nóng)村水電電氣化縣建設。

　�。ㄊ�）配合國家綜合經(jīng)濟管理部門制訂有關水利的財務政策及價格、稅收、信貸等經(jīng)濟調節(jié)措施并組織實施。按照國家有關規(guī)定監(jiān)督水利系統(tǒng)國有資產(chǎn)的保值增值。

　�。ㄊ�一）對全國水文工作實行行業(yè)管理。

　�。ㄊ�二）對全國水工程建設進行行業(yè)管理，負責組織建設和管理具有控制性的或跨�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）的重要水工程。對全國水利工程、水利綜合經(jīng)營和水庫移民實行行業(yè)管理。

　�。ㄊ�三）負責管理水利科技、教育、國際合作，會同有關部門辦理國際河流的涉外事宜。指導和管理全國水利隊伍的建設。

　�。ㄊ�四）承辦國務院交辦的其他事項。

　　三、內設機構

　　根據(jù)上述職責，水利部設13個職能司和機關黨委。

　　（一）辦公廳

　　協(xié)助部領導組織機關日常工作；對各司工作進行綜合協(xié)調；負責重大會議的組織；負責對外宣傳、秘書、公文、政務信息、檔案、保衛(wèi)、保密、信訪工作及機關內部規(guī)章制度建設。

　�。ǘ�）規(guī)劃計劃司

　　組織編制國家水利發(fā)展戰(zhàn)略、流域規(guī)劃、中長期計劃和年度計劃，會同有關部門制訂水長期供求計劃；負責大中型和直屬水利水電基建項目的建議書和可行性研究報告的立項申報和審批；組織協(xié)調流域開發(fā)工作；負責水利綜合統(tǒng)計工作。

　�。ㄈ�）水政水資源司

　　主管水利行業(yè)政策法規(guī)、體制改革和水利執(zhí)法工作；負責水資源統(tǒng)一管理和保護工作；負責組織實施取水許可制度和水資源費征收管理制度；歸口協(xié)調省際和部門間的水事糾紛；主管全國節(jié)約用水和城市供水水源規(guī)劃工作；會同有關部門制訂跨省的水量分配方案并組織實施。

　�。ㄋ模┴攧账�

　　負責全國水利行業(yè)的財務、會計管理；制訂水利行業(yè)各項經(jīng)濟調節(jié)措施；對水利資金和經(jīng)營管理進行宏觀調節(jié)；對水利系統(tǒng)的國有固定資產(chǎn)進行監(jiān)督管理；主管部屬單位的財務工作，指導全國水利綜合經(jīng)營。

　�。ㄎ澹┤耸聞趧铀�

　　負責部機關、直屬單位的機構編制和人事管理工作；組織實施國家公務員制度；負責專業(yè)技術職務評聘工作；主管本行業(yè)勞動工資、勞動保護和社會保險工作。

　�。�六）國際合作司

　　負責辦理政府間有關水利方面的涉外事宜，主管水利行業(yè)對外經(jīng)濟、技術合作與交流。

　�。ㄆ撸┛萍冀逃�司

　　負責編制全國水利科學技術和教育發(fā)展規(guī)劃；管理部屬科研機構和院校；組織重大水利科學研究和技術推廣工作；主管水利行業(yè)技術標準、規(guī)程規(guī)范、技術和質量監(jiān)督工作；歸口管理全國高中等院校水利類專業(yè)和水利行業(yè)職工培訓工作。

　　（八）建設司

　　組織和協(xié)調部屬重點水利水電工程的建設；組織重點建設項目的國家級驗收；對全國水工程建設進行行業(yè)管理；主管全國水利水電工程建設監(jiān)理工作。

　　（九）水電及農(nóng)村電氣化司

　　主管水利系統(tǒng)開發(fā)建設的水電，對農(nóng)村小水電站及小電網(wǎng)進行歸口管理；組織實施全國第二批200個農(nóng)村水電電氣化縣建設工作。

　�。ㄊ�）水文司

　　對全國水文工作進行行業(yè)管理；負責部屬水文站網(wǎng)的建設和管理；組織全國水資源調查評價。

　�。ㄊ�一）水利管理司

　　負責河道、水庫、湖泊、海堤等水域、岸線、河口灘涂以及水利水電工程的管理和保護；對江河和水利工程的防洪安全進行行業(yè)管理；對全國水庫大壩安全實施監(jiān)督管理；歸口管理水庫漁業(yè)和水利旅游事業(yè)。

　�。ㄊ�二）農(nóng)村水利司

　　主管農(nóng)田水利、灌區(qū)、機排灌站以及牧區(qū)水利和鄉(xiāng)鎮(zhèn)供水、人畜飲水工作；組織指導全國農(nóng)田水利基本建設和農(nóng)村水利社會化服務體系建設；負責農(nóng)村節(jié)水工作。

　�。ㄊ�三）水土保持司

　　主管全國水土保持工作，組織全國水土保持重點治理區(qū)的工作，協(xié)調水土流失綜合治理；對有關法律、法規(guī)的執(zhí)行情況依法實施監(jiān)督。

　�。ㄊ�四）機關黨委

　　負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。

　　四、人員編制和領導職數(shù)

　　水利部機關行政編制為365名。其中，部長1名，副部長4名；正副司局長44名（含正、副總工程師各1名，機關黨委專職副書記2名、機關紀委專職書記1名）。

　　紀檢、監(jiān)察、審計等派駐機構和參事、老干部、后勤服務機構及編制，按有關規(guī)定另行核定。

　　國家防汛抗旱總指揮部辦公室仍單獨設立，其事業(yè)編制另行核定。

　　因機構改革和人員分流需組建的事業(yè)單位，按有關規(guī)定辦理審批手續(xù)。

　　五、關于理順和電力部關系的幾個問題

　　經(jīng)水利、電力兩部協(xié)商議定：

　�。ㄒ唬┧�電是水資源綜合利用的一個重要方面，水電規(guī)劃（包括小水電和小電網(wǎng)建設規(guī)劃）應符合流域規(guī)劃和電力發(fā)展規(guī)劃。水利部負責開發(fā)以防洪、灌溉、供水為主的水電站，原水利部門管理的大中型水電站、小水電及其小電網(wǎng)，仍由水利部門管理。今后水電站建設管理，隨著市場經(jīng)濟的發(fā)展和完善，按照“誰投資、誰受益”的原則，推行業(yè)主責任制，由業(yè)主負責建設管理。水電站建成后，凡與大電網(wǎng)相聯(lián)的，按照并網(wǎng)協(xié)議，由電網(wǎng)實行統(tǒng)一調度。

　�。ǘ�）大、小電網(wǎng)交叉供電的地區(qū)，應統(tǒng)籌規(guī)劃，避免重復建設，實現(xiàn)共同發(fā)展。

　�。ㄈ�）水電站水庫的運用，原則上應按設計文件執(zhí)行。以發(fā)電為主的水庫，汛期組成有電力部門參加的防汛指揮部，汛限起調水位以上防洪庫容及供水調度運用，要服從防汛抗旱指揮部的統(tǒng)一調度；汛限起調水位的變更和確定，由水庫大壩主管部門商省防汛指揮部門確定；汛限起調水位以下的興利庫容運用中有關灌溉、供水等水資源綜合利用，由水利部門提出建議商電力部門確定。水電站的調度，由電力部門負責。

　　（四）農(nóng)村電氣化由電力部歸口。水利部負責國務院安排的第二批200個農(nóng)村水電電氣化縣建設工作。

　�。ㄎ澹╆P于水利部同原能源部共管的單位，應在明確水利、電力兩部職能分工的基礎上協(xié)商解決。

　　六、七大流域機構的職能

　　長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼水利委員會和太湖流域管理局等七個流域機構是水利部的派出機構，國家授權對其所在流域行使水行政主管部門的職責。